A casi tres semanas de la final del Mundial 2026, en la que Argentina cayó 1-0 frente a España, Facundo Medina cambió de equipo. El Olympique de Marsella decidió transferir al internacional argentino al Bayer Leverkusen por una cifra que, entre contado y objetivos, ronda los 25 millones de euros.
Según el prestigioso diario francés L'Equipe "Es una venta que será beneficiosa para las finanzas del Olympique de Marsella. Los olímpicos han aceptado una oferta de 25 millones de euros (23 millones + 2 millones de bonificaciones) de Leverkusen por Facundo Medina. El argentino de 27 años, ya de acuerdo con el club alemán, se espera que se comprometa con ello unos cinco años después de sus vacaciones".
Llegado hace solo un año a Marsella, el internacional argentino había hecho del Bayer Leverkusen su prioridad. Seducido por el proyecto del equipo animador de la Bundesliga, el exjugador del Lens llegó rápidamente a un acuerdo con su nuevo club, donde compartirá plantel con otros dos argentinos: Exequiel Palacios y Equi Fernández.
Medina llegó a OM desde Lens a cambio de 2 millones de euros por un préstamo con una opción de compra cercana a los 20 millones (18 millones fijos y 2 millones en variables), que el equipo marsellés terminó ejecutando tras el gran rendimiento del argentino.
Durante su última temporada, el defensor disputó 26 partidos oficiales, no convirtió goles, entregó una asistencia, recibió nueve tarjetas amarillas, no sufrió expulsiones y acumuló 2.015 minutos dentro de la cancha.
En el Mundial 2026 fue titular contra Argelia y Austria en la fase de grupos, contra Cabo Verde en dieciseisavos de final e ingresó ante Egipto en octavos y contra España en la final.